- 王金锋
- 副研究员
- 北京市朝阳区北辰西路1号院5号 100101
| 简历： |
| 博士，副研究员，硕士生导师。2010年毕业于中国科学院海洋研究所，获理学博士学位。2011年进入中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学研究组参加工作，主要从事微生物组学和生物信息学方向的研究。2016年起任副研究员，中国科学院大学硕士生导师。迄今已在Gut，Nature Communications，Genome Biology，ISME Journal和Environmental Microbiology等杂志上发表第一（或共同第一）作者和通讯作者论文10余篇，累计被引用400余次，合作发表论文20余篇。作为项目负责人于2013年、2016年和2018年连续获得3项国家自然科学基金青年和面上项目资助，承担了国家重点研发计划生物安全项目子课题、中国科学院重点部署项目微生物组计划子课题、技术创新项目等。GPB，Frontiers of Environmental Science and Engineering和AIMS Microbiology等杂志审稿人。 |
| 研究领域： |
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1.微生物互作与菌群塑造。环境微生物的种类极其丰富，微生物间的共生、拮抗和捕食关系错综复杂，它们共同决定了并不断调控菌群的结构和发展方向，但目前人们对微生物相互作用及菌群塑造的认识仍非常有限。我们致力于人体微生物组学数据的分析和挖掘，基于新一代高通量测序和生物超算技术，结合自主开发的宏基因组学实验方法和计算工具，研究复杂菌群中微生物之间的互作关系，重点关注噬菌体和获得性免疫元件CRISPRs参与的微生物群落组成与变化，揭示它们在生物膜形成、菌群演替和动态平衡中发挥的生物学作用。 2.人体微生物组与健康。共生微生物群落组成及其动态变化与人体健康休戚相关。我们利用宏基因组学和代谢组学技术，研究不同人体位点的微生物组，特别是新生儿的菌群发生和定植、健康和疾病等过程，以此揭示人类生命初始阶段人体菌群的形成机制，以及不同病理条件下微生物群落的组成、代谢功能及其变化特征。整合基因组学、计算生物学和系统生物学等研究手段，聚焦宿主与致病菌的相互作用以及人类健康等科学问题，为相关疾病的检测和预防提供有价值的信息。 |
| 代表论著： |
| He, M. #, Wang, J.F.#, Fan, X.P., et al. Genetic basis for the establishment of endosymbiosis in Paramecium.ISME Journal. 2018 (in press).Wang, J.F.#, Zheng, J.Y.#, Shi, W.Y.#, et al. Dysbiosis of maternal and neonatal microbiota associated with gestational diabetes mellitus. Gut. 2018, 67: 1614-1625.Zhang, Y.F., Zhen, M., Zhan, Y.L., Song, Y.Q., Zhang, Q., & Wang, J.F.* Population-genomic insights into variation in Prevotella intermedia and Prevotella nigrescens isolates and its association with periodontal disease. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2017, 7: 409.Ji, P.F., Zhang, Y.M., Wang, J.F., et al. MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity. Nature Communications. 2017, 8: 14306.Wang, J.F.#, Gao, Y.#, Zhao, F.Q. Phage-bacteria interaction network in human oral microbiome. Environmental Microbiology. 2016, 18(7): 2143-2158.Gao, Y.#, Wang, J.F.#, Zheng, Y.#, et al. Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs. Nature Communications. 2016, 7: 12060.Zhang, Y.M., Ji, P.F., Wang, J.F., et al. RiboFR-Seq: a novel approach to linking 16S rRNA amplicon profiles to metagenomes. Nucleic Acids Research. 2016, 44: e99.Gao, Y.#, Wang, J.F.#, Zhao, F.Q. CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification. Genome Biology. 2015, 16: 4.Zhou, H.Y., Zhao, H., Zheng, J.Y., Gao, Y., Zhang, Y.M., Zhao, F.Q., Wang, J.F.* CRISPRs provide broad and robust protection to oral microbial flora of gingival health against bacteriophage challenge. Protein & Cell. 2015, 6(7): 541-545. Wang, J.F.#, Qi, J.#, Zhao, H., et al. Metagenomic sequencing reveals microbiota and its functional potentials associated with periodontal diseases. Scientific Reports. 2013, 3: 1843.
(#共同一作，*通讯作者) |
