万晓华

中国科学院计算技术研究所

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  • 万晓华
  • 副研究员
简历:

万晓华,博士,副研究员。主要研究方向为高性能计算和生物信息。2012年获得中国科学院计算所博士学位,博士论文为“电子断层三维重构算法优化研究”。2012年7月留所在前瞻研究实验室担任助理研究员,2012年12月-2014年9月在University of California, San Diego 作为博士后访问学者进行交流。

主要从事冷冻电镜图像处理的相关研究,特别在三维重构算法、大规模图像并行处理方面作出了一系列研究成果,相关算法及软件已经在University of California, San Diego、San Diego SuperComputing、Direct Electron、National Center of Biotechnology、清华大学、中国科学院生物物理所等单位得到广泛应用,为科学家发现新的生物结构提供关键技术。至今已经在SIAM Journal on Scientific Computing (中国科学院JCR一区)、Journal of Structural Biology、BMC Bioinformatics、IEEE Transactions on Nanobioscience、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics等国际顶级期刊和会议上发表论文18篇,其中第一或通信作者发表论文13篇。

作为项目负责人主持国家自然科学青年基金项目1项和中国科学院人才项目“青促会”1项;作为科研骨干,参与中国科学院知识创新工程重大项目和多项国家自然科学基金。

2011年获得计算所“优秀论文”二等奖和中国科学院计算所所长特别奖学金;2012年获得中国科学院院长优秀奖;2013年入选计算所“学术百星”;2014年获得计算所“优秀研究人员”;2015年入选中国科学院青年创新促进会。

研究方向:

生物信息、高性能计算、图像处理

社会任职:
获奖及荣誉:
2015年“中国科学院青年创新促进会”会员2014年中国科学院计算所优秀研究人员2013年中国科学院计算所“学术百星”称号2012年中国科学院院长优秀奖2011年中国科学院计算所所长特别奖学金2011年中国科学院计算所第五届学术大会最佳报告奖2011年中国科学院计算所优秀论文二等奖ISBRA 2011, Student Travel Grant2010 – 2011学年获中国科学院级“三好学生”称号2010年获中国科学院计算所前瞻研究实验室优秀学生2009年获中国科学院计算所前瞻研究实验室优秀学生
代表论著:
Xiaohua Wan, Sebastien Phan, Albert Lawrence et. al, “Iterative methods in large field electron microscope tomography”. SIAM Journal on Scientific Computing, 2013, 35(5), S402-S419 (SCI, IF is 1.95,中国科学院JCR一区期刊).Xiaohua Wan, Fa Zhang, Qi Chu, et. al, “High-performance blob-based iterative three-dimensional reconstruction in electron tomography using multi-GPUs”. BMC bioinformatics, 2012, 13:S4 (SCI, IF is 3.03).Xiaohua Wan, Fa Zhang, Qi Chu et. al, “Three-dimensional Reconstruction Using an Adaptive Simultaneous Algebraic Reconstruction Technique in Electron Tomography”. Journal of Structural Biology, 2011, 175: 277-287 (SCI, IF is 3.5).Ziying Zhou, Yugang Li, Fa Zhang, Xiaohua Wan, “FASART: An iterative reconstruction algorithm with inter-iteration adaptive NAD filter”. Bio-Medical Materials and Engineering 26 (2015) S1409–S1415 (SCI, 1.091, 通信作者).Fa Zhang, Jingrong Zhang, Albert Lawrence, Fei Ren, Xuan Wang, Zhiyong Liu, and Xiaohua Wan, “BSIRT: A Block-Iterative SIRT Parallel Algorithm Using Curvilinear Projection Model”. IEEE Transactions on Nanobioscience, 14(2): 229-236, 2015 (SCI, 2.309, 通信作者).Fa Zhang, Yu Chen, Fei Ren, Xuan Wang, Zhiyong Liu and Xiaohua Wan, “A Two-phase Improved Correlation Method for Automatic Particle Selection in Cryo-EM”. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2015 (in press, SCI, 1.438, 通信作者)Ruijuan Chen, Xiaohua Wan, Ilkay Altintas, et. al, “EPiK-a Workflow for Electron Tomography in Kepler”. Procedia Computer Science (ICCS 2014), 29: 2295-2305 (co-first author).Xiaohua Wan, Sebastien Phan, Albert Lawrence, et. al, “Iterative methods in large field electron microscope tomography”. Twelfth Copper Mountain Conference on Iterative Methods, Mar. 2012.Xiaohua Wan, Fa Zhang, Qi Chu et. al, “High-performance Blob-based Iterative Reconstruction of Electron Tomography on Multi-GPUs”. International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA’ 2011), Lecture Notes in Bioinformatics, Springer Verlag,?6674: 61-72, 2011 (EI).Xiaohua Wan, Fa Zhang, Zhiyong Liu, “Modified simultaneous Algebraic Reconstruction Technique and its Parallelization in Cryo-electron Tomography”. International Conference on Parallel and Distributed Systems (EI, ICPADS’2009).Jingrong Zhang, Xiaohua Wan, Fa Zhang, et. al, “Parallel Scheme for Three-Dimensional Reconstruction in Large-Field Electron Tomography”. International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (EI, ISBRA’ 2014): 102-113.Yu Chen, Fei Ren, Xiaohua Wan, et. al, “An Improved Correlation Method Based on Rotation Invariant Feature for Automatic Particle Selection”. International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (EI, ISBRA’ 2014): 114-125.Renmin Han, Fa Zhang, Xiaohua Wan, et. al, “A marker-free automatic alignment method based on scale-invariant features”. Journal of Structural Biology, 2014, 196(1): 167-180 (SCI, IF is 3.5).Qi Chu, Fa Zhang, Kai Zhang, Xiaohua Wan, et. al, “An accurate, automatic method for markerless alignment of electron tomographic images”. IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM2010): 393-396, 18-21 Dec 2010, Hong Kong (EI).
承担科研项目情况:
2013.01 -2015.12 面向高分辨的电子断层三维重构算法研究 (国家自然科学基金青年基金项目),项目负责人2015.01 – 2018.12 面向大尺度生物图像的高精度三维分子结构重构技术研究(国家自然科学基金面上基金项目),项目执行负责人2013.01 – 2017.12 面向复杂生物数据处理的高效计算方法(国家自然科学基金重点基金项目),项目主要参与人员2011.01 – 2014.12 Biokepler(美国国家自然科学基金项目),项目主要参与人员2008.09 – 2011.12 冷冻电镜二维图像处理方法与三维重构研究(中国科学院知识创新工程重大项目),项目主要参与人员2010.01 – 2011.04 生物信息学示范应用(国家自然科学基金重点项目),项目主要参与人员2008.09 - 2009.12 生物信息学研究和应用(国家自然科学基金重点项目),项目主要参与人员2008.09 - 2009.03 高性能算法设计与分析(国家自然科学基金主任基金项目),项目主要参与人员
学科类别:
计算机应用技术
所属部门:
专家类别:
副高
杰青入选时间:
百人入选时间:
其他备注:
硕导计算机系统结构
其他备注2:
其他备注3: