赵文明

中国科学院北京基因组研究所

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  • 赵文明
  • 生命与健康大数据中心副主任,硕士生导师
  • 研究员

赵文明 ( ZHAO Wenming )

职 称: 正高级工程师
职 务: 生命与健康大数据中心副主任,硕士生导师
E-Mail: zhaowm@big.ac.cn
研究方向:

生物信息数据库、组学大数据、高性能计算

简 历:

2016年1月-至今 中国科学院北京基因组研究所 生命与健康大数据中心副主任 2011年11月-至今 中国科学院北京基因组研究所 高级工程师 硕士生导师 2008年4月-2011年11月 中国科学院北京基因组研究所 生物信息平台主管 2001年7月-2004年7月 北京华大基因研究中心 生物信息工程师

主要研究领域:

1. 国家重点研发计划,2016YFC0901603,精准医学基础支撑数据库群,2016年-2020年,在研,项目骨干; 2. 中国科学院先导专项,XDB13040500,动物复杂性状多组学数据的存贮与访问平台建设,2014年-2019年,在研,课题负责人; 3. 863,SS2015AA020108,组学大数据中心和知识库构建与服务技术,2015年-2017年,在研,子任务负责人; 4. 中国科学院信息化专业数据库项目,基因组学专业数据库,2014年至2016年,在研,项目负责人; 5. 中国科学院战略先导专项,分子模块辞海系统,2014年-2018年,在研,项目骨干; 6. 中国科学院仪器设备功能开发技术创新项目,生物计算云环境与服务开发,2012年-2015年,结题,项目负责人; 7. 国家基金委重大国际合作项目,利用开放科学数据云促进高通量肿瘤基因组研究,2011年-2015年,在研,项目骨干; 8. 中国科学院信息化专项,系统生物学多组学综合数据库系统,2009年-2011年,结题,项目负责人。

代表论著:

1. Hong Luo*, Wenming Zhao*, Yanqing Wang*, Yan Xia, et al. 2016. SorGSD: a Sorghum Genome SNP Database. Biotechnology for Biofuels. doi: 10.1186/s13068-015-0415-8. (Co-first Author)

2. Bai B*, Zhao WM*, Tang BX*, Wang YQ, Wang L, Zhang Z, Yang HC, Liu YH, Zhu JW, Irwin DM, Wang GD, Zhang YP. 2015. DoGSD: the dog and wolf genome SNP database. Nucleic Acids Res. doi: 10.1093/nar/gku1174. (Co-first Author)

3. Tang B, Wang Y, Zhu J, Zhao W. 2015. Web resources for model organism studies. Genomics Proteomics Bioinformatics. doi: 10.1016.

4. Ding J, Zhao L, Chang Y, Zhao W, Du Z, Hao Z. 2015. Transcriptome sequencing and characterization of Japanese scallop Patinopecten yessoensis from different shell color lines. PLoS One. doi: 10.1371/journal.pone.0116406.

5. Li B, Zong Y, Du Z, Chen Y, Zhang Z, Qin G, Zhao W, Tian S. 2015. Genomic characterization reveals insights into patulin biosynthesis and pathogenicity in Penicillium species. Mol Plant Microbe Interact. 2015 Jan 27.

6. Di R, He J, Song S, Tian D, Liu Q, Liang X, Ma Q, Sun M, Wang J, Zhao W, Cao G, Wang J, Yang Z, Ge Y, Chu M. 2014. Characterization and comparative profiling of ovarian microRNAs during ovine anestrus and the breeding season. BMC Genomics. doi:10.1186.

7. Liang F, Tang B, Wang Y, Wang J, Yu C, Chen X, Zhu J, Yan J, Zhao W#, Li R#. 2014. WBSA: web service for bisulfite sequencing data analysis. PLoS One, doi: 10.1371. (Co-corresponding author)

8. Guo-dong Wang, Weiwei Zhai, He-chuan Yang, Ruo-xi Fan, Wen-ming Zhao, et al. 2013. The genomics of selection in dogs and the parallel evolution between dogs and humans. Nature Communications, doi:10.1038.

9. Zheng G*, Dahl JA*, Niu Y*, Fedorcsak P, Huang CM, Li CJ, Zhao WM, et al. ALKBH5 is a Mammalian RNA Demethylase that Impacts RNA Metabolism and Mouse Fertility. Molecular Cell. 49:18-29 (2013)

10. Zhao W, Liu W, Tian D, Tang B, Wang Y, Yu C, Li R, Ling Y, Wu J, Song S, Hu S. 2011. wapRNA: a web-based application for the processing of RNA sequences. Bioinformatics. 27:3076-7.

11. Tao Y, Ruan J, Yeh SH, Lu X, Wang Y, Zhai W, Cai J, Zhao W, et al. 2011. Rapid growth of a hepatocellular carcinoma and the driving mutations revealed by cell-population genetic analysis of whole-genome data. Proc Natl Acad Sci U S A. 108:12042-7.

12. Zhou R*, Ling S*, Zhao W*, Osada N, Chen S, Zhang M, He Z, et al. 2011. Population genetics in nonmodel organisms: II. natural selection in marginal habitats revealed by deep sequencing on dual platforms. Mol Biol Evol. 28:2833-42. (Co-first Author)

13. Yu J, Wang J, Lin W, Li S, Li H, Zhou J, Ni P, Dong W, Hu S, Zhao W, et al. 2005. The Genomes of Oryza sativa: a history of duplications. PLoS Biol. 3:e38.

14. Wong GK, Liu B, Wang J, Zhang Y, Yang X, Zhang Z, Meng Q, Zhao W, et al. 2004. A genetic variation map for chicken with 2.8 million single-nucleotide polymorphisms. Nature. 432:717-22.

15. Zhao W, Wang J, He X, Huang X, et al. 2004. BGI-RIS: an integrated information resource and comparative analysis workbench for rice genomics. Nucleic Acids Res. 32:D377-82.

16. Yu J, Hu S, Wang J, Wong GK, Li S, Liu B, Deng Y, Dai L, Zhao W, et al. 2002. A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. indica). Science. 296:79-92.