肖景发

中国科学院北京基因组研究所

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  • 肖景发
  • 博士生导师
  • 研究员

肖景发 ( Jingfa Xiao )

职 称: 研究员
职 务: 博士生导师
E-Mail: xiaojingfa@big.ac.cn
学科类别: 生物信息学
学习经历:
1991年9月-1995年7月 四川大学 生物学专业 本科 1998年9月-2003年7月 吉林大学 理论化学计算国家重点实验室 主要从事计算生物学和计算化学方面研究 博士研究生
工作经历:
1995年7月-1998年8月 沈阳第一制药厂科技有限公司 助理工程师 2003年7月-2005年8月 协和医科大学药物研究所 药物分子设计与合成实验室 主要从事抗计算机辅助药物设计 博士后 2005年11月-2007年2月 犹他大学化学系 计算化学和计算生物学 博士后 主要进行同源模建和分子对接算法的发展及应用 2007年2月-2012年5月 中国科学院北京基因组研究所 副研究员 主要从事比较基因组学和生物信息学方面的研究 2012年5月-至今 中国科学院北京基因组研究所 研究员
主要研究领域:
(1)重要经济作物和药用植物的比较基因组学和转录组学研究,揭示其高产和抗逆等重要生物性状的分子机制。(2)原核生物的基因组动力学研究,针对泛基因组和元基因组开发比较基因组学分析软件和平台,应用分析原核生物基因组动力揭示其致病性、宿主特异性和耐药性机制,研究基因组结构和基因调控之间的内在机制。(3)高通量数据的整合和挖掘,建立转录组注释和分析平台和虚拟基因组数据库。(4)小蛋白的结构功能、进化以及调控机制等相关的生物信息学研究。
承担科研项目情况:
1、自然科学基金面上项目,31071163,真核生物小蛋白进化机制和相互作用网络研究,2011.1-2013.12,在研,项目负责人; 2、自然科学基金面上项目,31271386,基于RNA-seq策略研究天然反义转录本的调控机制,2013.1-2016.12,在研,项目负责人; 3、科技部973项目,2010CB126604,重要热带作物木薯品种改良的基础研究,2010.1-2014.8,在研,课题负责人
代表论著:

1. 译著:基因组学核心实验方法(genomics: essential methods), 科学出版社, 2012年.

2. Ruosi Zhang, Lili Hao, Lingping Wang, Meili Chen, Wen Li, Rujiao Li, Jun Yu, Jingfa Xiao*, Jiayan Wu, Gene expression analysis of induced pluripotent stem cells from aneuploidy chromosomal syndromes. BMC Genomics. Suppl 6, S8 (2013).

3. Lin Dai, Ming Tian, Jiayan Wu, Jingfa Xiao, Xumin Wang, Kei-Hoi Cheung, Jeffrey P. Townsend, Zhang Zhang. Increasing participation in biological knowledge wikis through contribution quantification and explicit authorship. Bioinformatics. 29, 1837-1839 (2013).

4. Meili Chen†, Jingfa Xiao†, Zhang Zhang, Jiayan Wu, Jun Yu, Identification of Human HK Genes and Gene Expression Regulation Study in Cancer from Trancsriptomics Data Analysis. PLoS one. 8, e54082 (2013).

5. Yongbing Zhao, Jiayan Wu, Junhui Yang, Shixiang Sun, Jingfa Xiao*, Jun Yu, PGAP: Pan-genomes Analysis Pipeline. Bioinformatics. 28, 416-418 (2012).

6. Weili Liang, Yongbing Zhao, Chunxia Chen, Xiaoying Cui, Jun Yu, Jingfa Xiao*, Biao Kan, Pan-genome provides insights into genome variation and evolution in Salmonella Paratyphi A. PLOS one. 7, e45346 (2012).

7. Jiayan Wu†, Jingfa Xiao†, Jun Yu, Latest notable achievements in genomics. Science in China, 55, 645-648 (2012).

8. Dongyu Zhao, Jiayan Wu, Yuanyuan Zhou, Wei Gong, Jingfa Xiao*, Jun Yu. WikiCell: a unified resource platform for human transcriptomics research. OMICS: A Journal of Integrative Biology 16(6), 357-362 (2012).

9. Qian Zhao, Jingfa Xiao*, Jun Yu. An Integrated Analysis of Lineage-specific Small Proteins across Eight Eukaryotes Reveals Functional and Evolutionary Significance. Progress in Biochemistry and Biophysics. 39,359-367 (2012).

10. Anding Zhang, Ming Yang, Pan Hu, Jiayan Wu, Bo Chen, Yafeng Hua, Jun Yu, Huanchun Chen, Jingfa Xiao*, Meilin Jin, Comparative genomic analysis of Streptococcus suis reveals significant genomic diversity among different serotypes . BMC Genomics. 12, 523 (2011).

11. Pan Hu, Ming Yang, Anding Zhang, Jiayan Wu, Bo Chen, Yafeng Hua, Jun Yu, Huanchun Chen, Jingfa Xiao*, Meilin Jin, Comparative genomics study of multi-drug-resistance mechanisms in the antibiotic-resistant Streptococcus suis R61 strain. PLOS one. 6, e24988 (2011).

12. Yan Ge, Jiayan Wu, Jingfa Xiao*, Jun Yu. Exploration of the binding mode of α/β-type small acid soluble proteins (SASPs) with DNA, J. Mol. Model. 17, 3183-3193 (2011).

13. Zongjun Du, Zhewen Zhang, Tingting Miao, Jiayan Wu, Guoqiang Lü, Jun Yu, Jingfa Xiao*, and Guanjun Chen, Draft Genome Sequence of a Novel Agar-Digesting Marine Bacterium HQM9. Journal of Bacteriology. 193, 4557-4558 (2011).

14. Pan Hu, Ming Yang, Anding Zhang, Jiayan Wu, Bo Chen, Yafeng Hua, Jun Yu, Huanchun Chen, Jingfa Xiao*, Meilin Jin, Complete Genome Sequence of Streptococcus suis Serotype 3 Strain ST3. Journal of Bacteriology. 193, 3428-3429 (2011).

15. Ming Yang, Yan Ge, Jiayan Wu, Jingfa Xiao*, Jun Yu. Coevolution study of mitochondria respiratory chain proteins: Toward the understanding of protein-protein interaction. Journal of Genetics and Genomics. 38, 201-207 (2011).

16. Pan Hu, Ming Yang, Anding Zhang, Jiayan Wu, Bo Chen, Yafeng Hua, Jun Yu, Jingfa Xiao*, Meilin Jin, Complete Genome Sequence of Streptococcus suis serotype 14 Strain JS14. Journal of Bacteriology. 193, 2375-2376 (2011).

17. Jiayan Wu†, Jingfa Xiao†, Ruosi Zhang, Jun Yu. DNA sequencing leads to genomics progress in China. Science in China, 54, 290-292 (2011).

18. Yongbing Zhao, Jingfa Xiao*. Homology Modeling and Molecular Dynamics Simulation Studies of Human Type 1 3-Hydroxysteroid Dehydrogenase: Toward the Understanding of Cofactor Specificity. J. Comp. Chem. 32, 33-42 (2011).

19. Fengyu Wang, Jingfa Xiao*, Linlin Pan, Ming Yang, Guoqian Zhang, Yun Yu. A Systemic Study of Mini-proteins in Bacterial and Archaea. PLOS one. 3, e4027 (2008).

20. Jingfa Xiao, Jun Yu. A Scenario on the Stepwise Evolution of the Genetic Code. Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 5, 1 (2007).

社会任职:
Frontiers in Plant Genetics and Genomics, PLoS One, GPB学术编委
获奖及荣誉: